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Francisco J. Escobar desarrolla su labor profesional como profesor titular de Literatura Española en la Facultad de Filología de la Universidad de Sevilla. Miembro del Grupo de Investigación Poesía andaluza del Siglo de Oro, ha dedicado trabajos de investigación al pensamiento estético y obra de autores áureos como Torres Naharro, Cetina, Garcilaso, Sá de Miranda, Herrera, Arguijo, Santa Teresa de Jesús, San Juan de la Cruz, Cervantes, Lope, Góngora o Quevedo, prestando especial atención tanto al Humanismo, ya sea vernáculo o neolatino, como a la pervivencia de la tradición clásica en el Siglo de Oro. En este sendero cabe destacar, desde el comparatismo interdisciplinar, sus monografías El mito de Psique y Cupido en la poesía española del siglo XVI, Córdoba en el mundo clásico y Vidas de arte en el Humanismo hispalense: de Nebrija a Góngora, así como Humanismo y tradición clásica en la obra poética de Juan de Mal Lara, estudio que viene a completar su edición de los poemas mitográficos de este humanista, el Hércules animoso y La Psyche, además de su poesía dispersa, tanto latina como vernácula. Destaca, en fin, su participación, junto a J. Montero y F. Gherardi, en la edición de La Galatea de Cervantes para la Real Academia Española, Galaxia Gutenberg y Círculo de Lectores, así como su edición del volumen monográfico, en trabajo conjunto con L. Rivero y S. Díez, La «metamorfosis» de un inquisidor: el humanista Diego López de Cortegana (1455-1524).
En lo que hace a su investigación en Literatura española contemporánea, desde el comparatismo y la historia de las mentalidades, ideas o de las representaciones, ha centrado su interés en el Modernismo, con estudios dedicados al pensamiento conceptual de A. Machado, Unamuno, Valle-Inclán o T. Morales, y calas en el Grupo poético del 27: Lorca, R. Alberti, D. Alonso o V. Aleixandre. Además se ha ocupado de la literatura de la segunda mitad del siglo XX; así desde J. M.ª Pemán y G. Celaya, F. Umbral, F. Grande, J. Á. Valente, J. L. Tejada o A. García Calvo a C. Lagos, G. Fuertes, A. Luque, L. M.ª Panero, L. García Montero o L. A. de Cuenca. Entre otras distinciones y reconocimientos recibidos destacan el Premio internacional José Vasconcelos, el Premio legado José Vallejo y el Premio Extraordinario de Doctorado.