A Igreja de Santo Antão ocupa na totalidade o espaço onde existiu a ermida gótica de Santo Antoninho e do hospital-albergaria do Corpo de Deus, da Ordem dos Templários, além da desaparecida Rua dos Gaios, que corria na linha da dependência da Irmandade do Santíssimo Sacramento e de outro casario da Rua Ancha, que se adquiriu ao fidalgo Roque de Almada em 1549-1550 e se deitou abaixo seguidamente, sob direção do mestre Manuel Pires. A colegiada paroquial foi fundada no dia 18 de abril de 1333 e o provimento dos primeiros raçoeiros é de 138 O arcebispo D. João de Melo criou o reitorado em 28 de abril de 1565, prelado que pela primeira vez se designou prior de Santo Antão Ao Cardeal D. Henrique, príncipe da Casa de Avis e último monarca da mesma dinastia, se deve a fundação do presente edifício da Igreja de Santo Antão que, para o efeito, obteve assistência de seu irmão D. João III, monarca que, em fevereiro de 1548, mandou estudar o local pelo arquiteto régio Miguel de Arruda.